Différence entre AFLP et RFLP

Différence clé - AFLP vs RFLP

Les études sur l'ADN ont une importance capitale pour comprendre et déterminer les relations phylogénétiques, diagnostiquer les maladies génétiques et cartographier les génomes de l'organisme. Plusieurs techniques associées à l'analyse de l'ADN sont également utilisées pour l'identification d'un gène particulier ou d'une séquence d'ADN dans un pool d'ADN inconnu. Ils sont connus comme marqueurs moléculaires. Polymorphisme de longueur de fragment amplifié (AFLP) et Polymorphisme de longueur de fragment de restriction (RFLP) sont deux de ces marqueurs moléculaires (méthodes) développés en biologie moléculaire pour détecter les variations génétiques entre organismes. Les deux méthodes sont d'égale importance et présentent des avantages et des inconvénients. La principale différence entre AFLP et RFLP est que AFLP implique une amplification par PCR sélective de l'ADN digéré alors que RFLP n'implique pas une amplification par PCR sélective des fragments d'ADN.

CONTENU
1. Vue d'ensemble et différence clé
2. Qu'est-ce que l'AFLP?
3. Qu'est-ce que le RFLP?
4. Comparaison côte à côte - AFLP vs RFLP
5. Résumé

Qu'est-ce que l'AFLP??

L'AFLP (polymorphisme de longueur de fragment amplifié) est un outil important en biologie moléculaire et est largement utilisé dans l'analyse de la variation génétique. L'AFLP est basé sur l'amplification par PCR spécifique de l'ADN génomique fragmenté et la détection du polymorphisme par autoradiographie par électrophorèse sur gel. L'AFLP contribue largement à l'identification des différences génétiques dans les souches ou les espèces étroitement apparentées de divers règnes, y compris les plantes, les animaux, les bactéries et les champignons. L'AFLP peut être réalisée avec de petites quantités d'échantillons d'ADN inconnus. Il ne nécessite aucune connaissance préalable de la séquence et la conception des sondes.

Les étapes de l'AFLP

Isolement de l'ADN
Digestion de l'ADN avec des endonucléases de restriction
Ligation des fragments d'ADN restreints avec des adaptateurs
Amplification sélective des fragments avec des sites de restriction spécifiques
Séparation des produits de PCR par électrophorèse sur gel
Visualisation de la matrice de gel par autoradiographie

AFLP est une méthode plus sensible et reproductible qui peut être utilisée dans le profilage de l'ADN de plusieurs taxons, y compris les champignons, les bactéries, les plantes et les animaux, sans connaissance préalable des séquences d'ADN. Cela aide à identifier de légères différences entre les individus dans les populations en raison de sa nature très sensible. AFLP est également important dans la cartographie du génome, les études médico-légales, les tests parentaux, le génotypage, etc..

Figure 01: AFLP

Qu'est-ce que le RFLP??

Les polymorphismes de longueur de fragment de restriction (RFLP) sont une technique utilisée pour détecter les variations génétiques dans les séquences d'ADN homologues. C'est la première méthode développée pour le profilage de l'ADN. Les organismes ont des empreintes génétiques ou des profils génétiques uniques. Le RFLP constitue un outil important pour analyser la variation entre les profils d'ADN d'organismes intraspécifiques ou étroitement apparentés, car les séquences homologues possèdent des sites de restriction (emplacements) différents, propres à un organisme particulier. Lorsque l'ADN homologue est digéré avec des endonucléases de restriction spécifiques, il en résulte différents profils d'ADN uniques pour chaque individu. Par conséquent, le principe de cette méthode est la détection de la variation génétique entre organismes en limitant l'ADN homologue avec des enzymes de restriction spécifiques et en analysant le polymorphisme de la longueur des fragments par électrophorèse sur gel et transfert. Les motifs de transfert sont uniques à chaque organisme et caractérisent les génotypes spécifiques.

Étapes de RFLP

Isolement d'une quantité suffisante d'ADN à partir d'échantillons
Fragmentation des échantillons d'ADN avec des endonucléases de restriction spécifiques en une séquence courte
Séparation des fragments obtenus de différentes longueurs par électrophorèse sur gel d'agarose.
Transfert du profil de gel dans une membrane par transfert de Southern
Hybridation de la membrane avec des sondes marquées et analyse du polymorphisme de la longueur des fragments dans chaque profil

La RFLP est une technique très importante pour détecter l'hérédité de la maladie et déterminer le risque d'apparition de la maladie parmi les membres de la famille. Le RFLP est également fréquemment utilisé dans la cartographie du génome, l'identification des criminels en criminalistique, les tests de paternité, etc. Le RFLP a également plusieurs limites. RFLP nécessite la connaissance préalable des données de séquence pour concevoir des sondes pour l'hybridation. Cela nécessite également l'isolement d'une quantité suffisante d'ADN de l'échantillon à analyser, ce qui est difficile dans les études médico-légales.

Figure 01: mappage RRFLP

Quelle est la différence entre AFLP et RFLP?

ALFP vs RFLP
AFLP implique une amplification PCR sélective de l'ADN digéré.	RFLP n'implique pas la PCR sauf s'il s'agit de PCR-RFLP.
Connaissance de la séquence
Connaissance préalable de la séquence n'est pas nécessaire.	Une connaissance préalable de la séquence est nécessaire pour concevoir des sondes RFLP.
Fiabilité
C'est plus fiable.	Ceci est moins fiable par rapport à AFLP.
Efficacité dans la détection du polymorphisme
Cela a une plus grande efficacité dans la détection du polymorphisme que le RFLP.	C'est moins efficace que l'AFLP.
Coût
C'est un peu cher par rapport au RFLP.	C'est moins cher que l'AFLP.
Applications
Les AFLP ont été appliqués à la cartographie du génome, aux empreintes génétiques, aux études de diversité génétique, aux tests de paternité et à la criminalistique	L'analyse RFLP est un outil important dans la cartographie du génome, la localisation de gènes pour des troubles génétiques, la détermination du risque de maladie et le test de paternité.

Résumé - AFLP vs RFLP

AFLP et RFLP sont deux techniques utilisées comme marqueurs génétiques pour l'évaluation de la diversité et l'évaluation des relations génétiques en biologie moléculaire. L'AFLP est une méthode efficace et sensible pour la détection du polymorphisme génétique entre organismes par rapport au RFLP. Cependant, bien que ces méthodes aient des efficacités différentes dans la détection des variations génétiques, elles sont toujours utilisées pour les empreintes génétiques et le diagnostic des maladies..

Référence:
'1. Garcia, Antonio A. F., Luciana L. Benchimol, Antônia M. M. Barbosa, Isaias O. Geraldi, Souza Jr. Cláudio L. et Anete P. De Souza. «Comparaison des marqueurs RAPD, RFLP, AFLP et SSR pour les études de diversité dans les lignées hybrides de maïs tropical.» Genetics and Molecular Biology. Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Web. 19 mars 2017
2. «Polymorphisme de longueur de fragment de restriction (RFLP)». Centre national d'information sur la biotechnologie. Bibliothèque nationale de médecine des États-Unis, n.d. Web. 19 mars 2017
3. Masiga D. K. et Turner C. M. (2004). «Analyse du polymorphisme de longueur de fragment amplifié (restriction) (AFLP)». Méthodes Mol Biol: 270: 173-86. NCBI. Web. 19 mars 2017

Courtoisie d'image:
1. “ALFP” Par Barbarossa sur Wikipedia hollandais - Transféré de nl.wikipedia à Commons. (Domaine public) via Wikimedia Commons
2. “Cartographie RFLP” Par Retama - Propre travail (GFDL) via Wikimedia Commons

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