Différence entre le génotypage et le séquençage

Différence clé entre le génotypage et le séquençage
 

Le génotypage et le séquençage sont deux techniques utilisées pour obtenir des informations sur les acides nucléiques, principalement l'ADN d'un organisme. La principale différence entre le génotypage et le séquençage est que le génotypage est le processus de détermination de la variante génétique que l'individu possède à l'aide de marqueurs tandis que le séquençage correspond à la détermination de l'ordre correct de la séquence nucléotidique dans le fragment d'ADN donné.

CONTENU
1. Vue d'ensemble et différence clé
2. Quel est le génotypage
3. Qu'est-ce que le séquençage?
4. Comparaison côte à côte - Génotypage vs séquençage
5. Résumé

Quel est le génotypage?

Le génotypage est la détermination de la constitution génétique d'un individu à l'aide d'une séquence d'ADN et de marqueurs, ainsi que la comparaison et l'identification de son héritage. Le génotypage est important en biologie évolutive, en biologie des populations, en taxonomie, en écologie et en génétique des organismes. Elle peut être réalisée par différentes techniques, notamment le séquençage de l'ADN, la réaction en chaîne de la polymérase, le polymorphisme de longueur de fragment de restriction (RFLP), la détection polymorphe amplifiée de manière aléatoire, le polymorphisme de longueur de fragment amplifié (AFLP), les puces à ADN, etc..

Le génotypage implique le séquençage de petits fragments particuliers de séquences d'ADN et la recherche de relations entre la composition génétique et d'autres individus à l'aide de marqueurs génétiques. Il détermine les polymorphismes mononucléotidiques (SNP) parmi les individus ou les allèles spécifiques. Le génotypage est applicable à un large éventail d'organismes, y compris l'homme. Il est également applicable aux microorganismes tels que virus, champignons, etc. et peut être utilisé pour déterminer leurs variants génétiques avec les profils de référence. En épidémiologie moléculaire et en microbiologie médico-légale, le contrôle des agents pathogènes, en particulier des micro-organismes, est effectué à l'aide des informations obtenues par génotypage. Le génotypage est très important dans l'analyse des généalogies. Les humains sont génotypés pour confirmer la maternité et la paternité. Le génotype révélera les allèles dominants et récessifs des gènes qui décident de traits spécifiques.

Figure_1: Génotypage RFLP

Qu'est-ce que le séquençage??

Le séquençage est le processus de détermination de l'ordre correct du nucléotide dans un fragment donné d'ADN ou d'ARN. Pratiquement toutes les informations nécessaires à la croissance et au développement d'un organisme sont codées dans son génome. La disponibilité de techniques permettant de produire et de séparer de longs fragments d'acides nucléiques de quelques centaines de nucléotides a conduit à la mise au point de procédures permettant de déterminer la séquence nucléotidique exacte d'un fragment donné d'ADN ou d'ARN. Différents types de méthodes de séquençage sont disponibles aujourd'hui. Ces méthodes de séquençage, associées aux technologies de construction de bibliothèques de génomes représentant l’ensemble du génome d’un organisme, facilitent le séquençage de l’ensemble du génome de cet organisme, en effectuant une analyse approfondie des structures géniques, des fonctions des gènes, de leurs localisations, de leurs expressions génétiques, cartographie des gènes, régions de régulation des gènes, etc..

Les génomes totaux de nombreux virus, plusieurs bactéries, archaébactéries, levures et plusieurs autres organismes ont été séquencés et cartographiés. Le projet sur le génome humain a permis de séquencer et de cartographier l’ensemble du génome humain et de publier son premier projet en 2003. Il s’agit d’un jalon majeur dans l’avancement de la biologie. Les séquences du génome humain sont maintenant utilisées dans le secteur médical pour identifier les causes génétiques de maladies rares, dépister le risque de maladie chez les nouveau-nés, identifier les détails génétiques de différents cancers, développer de nouveaux traitements et développer de nouveaux outils de diagnostic, etc..

Dans le monde végétal, le génome du riz et les génomes d'Arabidopsis ont été séquencés. La connaissance de ces séquences va révolutionner notre compréhension du fonctionnement des cellules et des organismes.

Figure_2: Une autoradiographie du séquençage de sanger

Quelle est la différence entre le génotypage et le séquençage?

Génotypage vs séquençage
Le génotypage est le processus permettant de déterminer la composition génétique d'un individu et de vérifier le groupe ou la taxonomie de cet organisme..	Le séquençage est le processus de détermination de l'ordre précis des nucléotides d'un fragment d'ADN ou d'ARN donné..
Des techniques
RFLP, séquençage de gènes, PCR, puces à ADN, AFLP, etc..	Séquençage Sanger, séquençage Gilbert, pyroséquençage, séquençage de nouvelle génération, séquençage par fusil de chasse, etc..
Principales préoccupations
Il s’agit plus de savoir si les différences de génotype donnent les différences de phénotype réelles.	Cela concerne plus l'ordre des nucléotides et ses différences et changements avec d'autres organismes.

Résumé - Génotypage vs séquençage

Le génotypage et le séquençage sont utiles pour étudier l’information génétique des organismes. Le génotypage est le processus permettant de déterminer les variations de génotype chez les individus et de trouver leurs catégories. Le séquençage est le processus de détermination de l'ordre correct des nucléotides dans le fragment intéressé ou la région de l'ADN. Les deux techniques fournissent des informations importantes sur les gènes et les génomes.

Référence:
1. «Méthodes de génotypage». Méthodes en biologie moléculaire (Clifton, N.J.). Bibliothèque nationale de médecine des États-Unis, n.d. Web. 20 février 2017.
2. Akey, J. M., D. Sosnoski, E. Parra, S. Dios, K. Heister, B. Su, C. Bonilla, L. Jin et M. D. Shriver. «Analyse de la courbe de fusion des SNP (McSNP): une approche sans gel et peu coûteuse pour le génotypage des SNP.» BioTechniques 30.2 (2001): 358-67. Web.

Courtoisie d'image:
1. «Génotypage RFLP» de (inconnu) - Instituts nationaux de la santé (domaine public) via Wikimedia Commons
2. “Radioactive Fluorescent” Par Abizar sur Wikipedia anglais (CC BY-SA 3.0) via Wikimedia Commons