Différence entre SYBR Green et Taqman

Différence clé entre SYBR Green et Taqman
 

SYBR Green et Taqman sont deux méthodes utilisées pour détecter ou surveiller le processus d’amplification de la PCR en temps réel. SYBR Green est une méthode basée sur l’intercalation d’un colorant de coloration à l’acide nucléique, tandis que Taqman est une méthode basée sur une sonde d’hydrolyse. Les deux technologies sont conçues pour générer de la fluorescence pendant la PCR, ce qui permet à une machine de PCR en temps réel de surveiller la réaction en temps réel.. La méthode SYBR Green est réalisée à l'aide d'un colorant fluorescent appelé SYBR green et détecte l'amplification en liant le colorant à l'ADN produit à double brin. Taqman est réalisé à l'aide de sondes à double marquage et détecte l'amplification par dégradation de la sonde par la Taq polymérase et par la libération du fluorophore.. C’est la principale différence entre SYBR Green et Taqman.

CONTENU
1. Vue d'ensemble et différence clé
2. Qu'est-ce que le SYBR Green?
3. Qu'est-ce que Taqman?
4. Comparaison côte à côte - SYBR Green contre Taqman
5. Résumé

Qu'est-ce que le SYBR Green??

Le SYBR Green est un colorant fluorescent utilisé pour la coloration des acides nucléiques, notamment de l'ADN double brin, en biologie moléculaire. La méthode SYBR Green est utilisée pour quantifier les produits de PCR lors de la PCR en temps réel. Une fois qu'il se lie à l'ADN, le complexe ADN-colorant résultant absorbe la lumière bleue et émet une lumière verte intense. Cela se produit en raison du changement structurel qui se produit dans la molécule de colorant lors de la liaison avec l'ADN double brin. Lorsque la PCR crée de plus en plus d'ADN, plus de molécules de colorant se lient à l'ADN, générant plus de fluorescence. Par conséquent, la fluorescence augmente avec l'accumulation du produit de PCR. Par conséquent, la quantité de produit de PCR peut être mesurée quantitativement par la détection de fluorescence SYBR Green.

Le colorant vert SYBR peut également être utilisé pour le marquage de l'ADN en cytométrie et en microscopie à fluorescence. Le bromure d'éthidium a été remplacé avec succès par SYBR Green, car le bromure d'éthidium est un colorant cancérigène présentant des problèmes d'élimination lors de la visualisation de l'ADN dans l'électrophorèse sur gel..

La méthode SYBR Green présente des avantages et des inconvénients. Cette méthode est très sensible, peu coûteuse et facile à utiliser. Cependant, en raison de sa capacité à se lier à n’importe quel ADN double brin, une liaison non spécifique peut conduire à une quantification excessive du produit de PCR.

Figure 01: Technique verte SYBR

Qu'est-ce que Taqman??

Taqman est une méthode alternative à SYBR Green pour surveiller le processus de PCR en temps réel. Cette méthode dépend de l'activité exonucléase 5 '- 3' de l'enzyme Taq polymérase pour dégrader les sondes lors de l'extension du nouveau brin et de la libération du fluorophore. Les sondes à double marquage sont utilisées dans cette méthode et elle est basée sur l'hydrolyse des sondes. Les sondes sont des oligonucléotides d'ADN marqués par fluorescence ayant une molécule reporter fluorescente (fluorophore) à l'extrémité 5 'et une molécule quencher à l'extrémité 3'. Ils sont conçus pour se lier au gabarit simple brin du côté opposé des anneaux d’amorçage. La Taq polymérase ajoute des nucléotides à l'amorce et étend le nouveau brin vers les sondes à double marquage. Une fois que la Taq polymérase rencontre la sonde, l'action exonucléase de la Taq polymérase s'active et dégrade la sonde. Une fois la synthèse du nouveau brin terminée, la sonde subit une dégradation complète et libère le fluorophore. La libération de fluorophore génère une fluorescence. La molécule fluorescente Quencher éteint efficacement la lumière émise et crée la sortie pour la quantification du produit PCR. La libération de fluorophores et la quantité de produits de PCR sont proportionnelles. Par conséquent, la quantification peut être facilement effectuée par la méthode Taqman.

Figure 02: Méthode Taqman

La méthode Taqman est utilisée dans la PCR en temps réel, la quantification de l'expression des gènes, la détection de polymorphismes génétiques, la quantification des délétions d'ADN chromosomique, l'identification bactérienne, la vérification de l'analyse par microréseau, le génotypage des SNP, etc..

Quelle est la différence entre SYBR vert et Taqman?

SYBR Green vs Taqman
SYBR Green est basé sur un colorant de liaison à l'ADN.	Taqman dépend des sondes d'hybridation et de l'activité exonucléase 5 'à 3' de la Taq polymérase.
Sondes marquées par fluorescence
Aucune sonde marquée par fluorescence n'est requise.	Des sondes à double étiquette sont requises.
Analyse de gènes multiplex
Il ne peut pas être utilisé pour des cibles de gènes multiplex.	Il peut être utilisé pour des cibles de gènes multiplex.
Coût
C'est moins cher.	C'est plus cher.
Spécificité
Ceci est moins spécifique et se lie à n’importe quel ADN double brin	Celles-ci sont très spécifiques car les sondes détectent les produits d'amplification spécifiques.
Efficacité
C'est moins efficace.	C'est très efficace.
Application
Ceci est utilisé dans la PCR en temps réel, la visualisation sur gel d'agarose, le marquage de l'ADN, etc..	Ceci est utilisé dans la PCR en temps réel, la quantification de l'expression génique, la détection de polymorphismes génétiques, etc..

Résumé - SYBR Green et Taqman

Taqman et SYBR green sont deux méthodes utilisées dans la PCR en temps réel (PCR quantitative). Les deux méthodes permettent une quantification efficace du produit de PCR et reposent sur l'émission de la fluorescence. La méthode Taqman utilise des sondes à double marquage pour la détection de l'ADN accumulé, tandis que la méthode SYBR Green utilise un colorant fluorescent. Ces deux méthodes ont également différentes applications en biologie moléculaire.

Référence:
1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour et Shaghayegh Haghjooy Javanmard. «Comparaison des méthodes SYBR Green et TaqMan dans l'analyse quantitative en temps réel de la réaction en chaîne de la polymérase de quatre sous-types de récepteurs de l'adénosine.» Advanced Biomedical Research. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. Web. 13 mars 2017.
2. «Principes de base de la PCR en temps réel.» PCR en temps réel, quantitatif (qPCR), Primers & Mastermix: Primerdesign Ltd., N.p., n.d. Web. 13 mars 2017.
3. «SYBR Green et autres colorants PCR en temps réel». Biocompare. N.p., 05 avril 2010. Web. 14 mars 2017

Courtoisie d'image:
1. “PCR with SYBR green” Par -Ygonaar à 23h09, le 7 mars 2006 (UTC) - C’est un graphique créé par Ygonaar avec Power Point, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/ index.php? curid = 619528
2. “Taqman” par utilisateur: Braindamaged - Propre travail (domaine public) via Wikimedia Commons