Différence entre la marche et le saut de chromosomes

Différence clé: la marche chromosomique vs le saut d'obstacles
 

La marche des chromosomes et le saut de chromosomes sont deux outils techniques utilisés en biologie moléculaire pour localiser les gènes sur les chromosomes et pour cartographier physiquement les génomes. La marche des chromosomes est une technique utilisée pour cloner un gène cible dans une bibliothèque génomique par isolement et clonage répétés de clones adjacents de la bibliothèque génomique.. Le saut chromosomique est une version spéciale de la marche chromosomique qui surmonte les seuils de la marche chromosomique. La marche chromosomique ne peut que séquencer et cartographier de petites longueurs de chromosomes, tandis que le saut chromosomique permet de séquencer de grandes parties de chromosomes.. C’est la principale différence entre la marche chromosomique et le sauts chromosomiques..

CONTENU
1. Vue d'ensemble et différence clé
2. Qu'est-ce que la marche chromosomique?
3. Qu'est-ce que le saut chromosomique?
4. Comparaison côte à côte - Chromosome Marche vs Saut
5. Résumé

Qu'est-ce que la marche chromosomique??

La marche chromosomique est un outil qui explore les régions de séquence inconnues des chromosomes en utilisant des fragments de restriction qui se chevauchent. Lors de la marche d'un chromosome, une partie d'un gène connu est utilisée comme sonde et continue à caractériser toute la longueur du chromosome à cartographier ou à séquencer. Cela va du marqueur à la longueur cible. Lors de la marche chromosomique, les extrémités de chaque fragment se chevauchant sont utilisées pour l’hybridation afin d’identifier la séquence suivante..

Les sondes sont préparées à partir des extrémités de l'ADN cloné et elles sont sous-clonées. Ensuite, ils sont utilisés pour trouver le prochain fragment qui se chevauche. Toutes ces séquences qui se chevauchent sont utilisées pour construire la carte génétique du chromosome et localiser les gènes cibles. C'est une méthode d'analyse de longs segments d'ADN par petits fragments chevauchants de la bibliothèque génomique reconstruite..

Technique de marche du chromosome - Pas

1. Isolement d'un fragment d'ADN contenant le gène connu ou le marqueur proche du gène cible

2. Préparation de la carte de restriction du fragment sélectionné et sous-clonage de la région d'extrémité du fragment à utiliser comme sonde
3. Hybridation de la sonde avec le prochain fragment chevauchant
4. Préparation de la carte de restriction du fragment 1 et sous-clonage de la région d'extrémité du fragment 1 à utiliser comme sonde pour l'identification du prochain fragment chevauchant.
5. Hybridation de la sonde avec le prochain fragment 2 se chevauchant

6. Préparation de la carte de restriction du fragment 2 et sous-clonage de la région d'extrémité du fragment 2 afin de servir de sonde pour l'identification du prochain fragment chevauchant

Les étapes ci-dessus doivent être poursuivies jusqu'au gène cible ou jusqu'à l'extrémité 3 'de la longueur totale de la séquence.

Figure 01: Technique de marche des chromosomes

La marche des chromosomes est un aspect important de la cytogénétique dans la recherche des SNP de nombreux organismes, dans l'analyse des maladies transmises génétiquement et dans la recherche de mutations de gènes pertinents..

Qu'est-ce que le saut chromosomique??

Le saut chromosomique est une technique utilisée en biologie moléculaire pour la cartographie physique des génomes des organismes. Cette technique a été introduite pour surmonter une barrière de la marche chromosomique apparue lors de la découverte des régions d'ADN répétitives au cours du processus de clonage. Par conséquent, la technique de saut chromosomique peut être considérée comme une version spéciale de la marche chromosomique. C'est une méthode rapide comparée à la marche chromosomique et qui permet de contourner les séquences d'ADN répétitives qui ne sont pas susceptibles d'être clonées au cours de la marche chromosomique. Les sauts chromosomiques réduisent l'écart entre le gène cible et les marqueurs connus disponibles pour la cartographie du génome.

L’outil de saut chromosomique commence par la découpe d’un ADN spécifique avec des endonucléases de restriction spéciales et la ligature des fragments dans des boucles circularisées. Ensuite, une amorce conçue à partir d'une séquence connue est utilisée pour séquencer les boucles circularisées. Cette amorce permet de sauter et de séquencer d'une manière alternative. Par conséquent, il peut contourner les séquences d’ADN répétitives et parcourir rapidement le chromosome pour rechercher le gène cible..

La découverte du gène codant pour la fibrose kystique a été réalisée à l'aide de l'outil de saut chromosomique. Ensemble, le saut et la marche chromosomiques peuvent améliorer le processus de cartographie du génome.

Figure 02: Saut chromosomique

Quelle est la difference entre Chromosome Walking et Jumping?

Chromosome marche vs saut
Le chromosome est un outil utilisé en biologie moléculaire pour la cartographie du génome et la localisation de gènes spécifiques.	Le saut de chromosomes est un outil utilisé pour la cartographie physique des génomes et la découverte rapide de gènes cibles dans les chromosomes..
Longueur comparée du séquençage
Seuls les petits fragments peuvent être clonés par la marche chromosomique.	Des longueurs plus importantes des chromosomes peuvent être cartographiées par saut chromosomique.
Clonage d'ADN répétitif dans les chromosomes
La technique de marche des chromosomes a du mal à parcourir les séquences répétitives d’ADN trouvées dans les chromosomes.	Il permet de contourner les séquences d'ADN répétitives. Par conséquent, il n'y a pas de difficulté quand on les trouve pendant le séquençage.
Facteurs influant sur les processus
Le succès du processus dépend de la taille du génome et de la distance à parcourir entre une position génomique connue et le gène souhaité..	Le succès ne dépend pas de la taille du génome de la distance entre le marqueur et la cible.
Effets de l'ADN non cloné
La marche chromosomique peut être arrêtée par des fragments d'ADN non clonés.	La note la plus basse que les piccolos peuvent jouer est D4.
Besoin d'une séquence connue
Le processus commence par un gène connu proche de la cible.	Le processus nécessite un fragment connu pour la conception de l’amorce..

Résumé - Chromosome Marche vs Saut

La marche chromosomique est fréquemment appliquée lorsqu'il est connu qu'un gène particulier est situé près d'un gène précédemment cloné dans un chromosome et qu'il est possible de l'identifier avec un isolement répété de clones génomiques adjacents à partir de la bibliothèque génomique. Cependant, lorsque des régions d'ADN répétitives sont découvertes au cours de la technique de marche chromosomique, le processus ne peut pas être poursuivi. Par conséquent, la technique rompt à partir de ce point. Le saut chromosomique est un outil de biologie moléculaire qui permet de surmonter cette limite pour cartographier les génomes. Il contourne ces régions d'ADN répétitives difficiles à cloner et aide à la cartographie physique des génomes. C’est la principale différence entre la marche et le saut de chromosomes.

Références:
1. Nakaseko, Yukinobu, Yasuhisa Adachi, Shin-ichi Funahashi, Osami Niwa et Mitsuhiro Yanagida. "La marche des chromosomes montre une séquence répétitive très homologue présente dans toutes les régions centromères de la levure à fission." The EMBO Journal. Bibliothèque nationale de médecine des États-Unis, mai 1986. Web. 22 mars 2017
2. Taheri, Ali. «Chromosome marche et saute.» Progrès en génie génétique. OMICS International, 30 octobre 2013. Web. 22 mars 2017