Différence entre le séquençage de l'exome et de l'ARN

Différence clé - séquençage de l'exome et de l'ARN
 

Le séquençage de l'acide nucléique est la technique qui détermine l'ordre des nucléotides dans un fragment particulier d'ADN ou d'ARN d'un organisme. Le séquençage est important pour identifier la composition de l'ADN et de l'ARN de la cellule et pour distinguer certains gènes qui codent pour des protéines fonctionnelles; ainsi, le séquençage peut être utilisé pour comprendre les mutations de ces gènes et leurs expressions. La méthode de séquençage Sanger ou les méthodes de séquençage de nouvelle génération plus avancées sont les méthodes de séquençage couramment utilisées. Le séquençage de l'exome est le séquençage de l'ensemble complet des exons ou des régions d'ADN codant présentes dans un organisme, tandis que le séquençage de l'ARN est la procédure de séquençage des acides ribonucléiques (ARN).. C’est la principale différence entre le séquençage de l’exome et de l’ARN.

CONTENU

1. Vue d'ensemble et différence clé
2. Qu'est-ce que le séquençage Exome?
3. Qu'est-ce que le séquençage d'ARN?
4. Similarités entre l'exome et le séquençage d'ARN
5. Comparaison côte à côte - Séquençage Exome vs ARN sous forme tabulaire
6. Résumé

Qu'est-ce que le séquençage Exome??

L'exome est un sous-ensemble du génome qui comprend les gènes codants d'un organisme particulier. Les gènes codants sont nommés exons et sont transcrits en ARNm puis traduits en séquences d'acides aminés. Au cours des modifications post-transcriptionnelles, le mécanisme d'épissage de l'ARN chez les eucaryotes élimine les introns (régions non codantes) et les exons restent. Il existe deux techniques principales dans lesquelles le séquençage exome est effectué: à base de solution et à base de matrice..

Dans le séquençage d'exome en solution, les échantillons d'ADN sont fragmentés en utilisant des enzymes de restriction ou un procédé mécanique et sont dénaturés à la chaleur. Dans cette technique, des sondes oligonucléotidiques biotinylées (appâts) sont utilisées pour s’hybrider sélectivement avec les régions cibles du génome. Des billes de streptavidine magnétiques sont utilisées pour l'étape de liaison. La liaison est suivie par une étape de lavage au cours de laquelle les séquences non liées et non ciblées sont éliminées par lavage. Les cibles liées sont ensuite amplifiées par PCR (PCR) puis séquencées par séquençage Sanger ou par séquençage de nouvelle génération..

Figure 01: Séquençage de l'exome

La méthode basée sur les matrices est également similaire à la méthode basée sur les solutions, à la différence que les fragments d’ADN sont capturés dans une micropuce, puis les étapes de liaison et de lavage suivent avant d’être séquencées..

Le séquençage de l'exome est utilisé dans de nombreuses applications telles que le diagnostic génétique de maladies, la thérapie génique, l'identification de nouveaux marqueurs génétiques, l'agriculture, l'identification de divers traits agronomiques bénéfiques et les procédures de sélection végétale..

Qu'est-ce que le séquençage d'ARN??

Le séquençage de l'ARN est basé sur le transcriptome, qui est la transcription complète de la cellule. Les principaux objectifs du séquençage de l'ARN sont de répertorier toutes les espèces du transcrit, y compris l'ARNm, l'ARN non codant et le petit ARN, afin de déterminer la structure transcriptionnelle des gènes et de quantifier les niveaux d'expression de chaque transcrit au cours du développement. Au cours du séquençage de l’ARN, des technologies d’hybridation (ADN complémentaire dérivé de séquences d’ARNm matures) ont été initialement utilisées pour le séquençage. Actuellement, une technique de production plus précise et plus avancée est utilisée pour le séquençage de l'ARN..

Figure 02: Séquençage des ARN

Dans le séquençage d'ARN, un échantillon d'ARN qui peut être un ARN total ou un ARN fractionné est converti en son ADN complémentaire (ADNc) en utilisant la transcription inverse, et une banque d'ADNc est préparée. Chaque fragment d’ADNc est attaché à des adaptateurs des deux côtés (séquençage des extrémités des paires) ou sur un côté (séquençage des extrémités simples). Ces séquences marquées sont séquencées à l’aide du séquençage Sanger ou de la génération suivante, comme le séquençage exome..

Quelles sont les similitudes entre l'exome et le séquençage d'ARN?

• De courts fragments sélectionnés ou l'ensemble complet d'ADN / ARN peuvent être utilisés pour le séquençage d'Exome ou d'ARN.
• Les fragments séquencés sont conservés dans des bibliothèques.
• Le séquençage Sanger ou le séquençage Next Generation peuvent être utilisés.
• Les deux sont des méthodes de séquençage in vitro.
• Les fragments séquencés peuvent être déterminés par des étiquettes fluorescentes.

Quelle est la différence entre le séquençage de l'exome et de l'ARN?

Exome vs ARN Séquençage
Le séquençage de l'exome est le séquençage de l'ensemble complet des exons ou des régions codantes de l'ADN présentes dans un organisme..	Le séquençage de l'ARN désigne la procédure de séquençage des acides ribonucléiques (ARN); le transcriptome.
Échantillon de départ
L'ADN génomique est l'échantillon de départ du séquençage de l'exome.	L'ARN est l'échantillon de départ du séquençage de l'ARN.
Composition
Celui-ci ne contient que des régions codantes de l'ADN total appelé Exons.	Celui-ci contient ARN-ARNm / transcriptome.
Séquençage
Il existe deux méthodes principales de séquençage de l'exome; technologies basées sur des solutions et des baies.	Le séquençage de l'ARN est effectué via la préparation d'une banque d'ADNc en extrayant l'ARN total ou l'ARN fragmenté..

Résumé - Exome vs ARN Sequencing

Exome est l'ensemble complet des régions codantes d'un organisme et les techniques impliquées dans la détermination de l'ordre exact des nucléotides d'Exome sont connues sous le nom de séquençage d'exome. Le séquençage d'ARN est la technique impliquée dans la détermination de l'ordre des nucléotides de l'ARN d'un organisme. C'est la différence entre le séquençage de l'exome et de l'ARN.

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Références:

1. Wang, Zhong et al. “RNA-Seq: un outil révolutionnaire pour la transcriptomique.” Revues Nature. Genetics, Bibliothèque nationale de médecine des États-Unis, janvier 2009, Disponible ici. Consulté le 3 septembre 2017.
2.Warr, Amanda et al. «Séquençage de l'Exome: perspectives actuelles et futures.» G3: Gènes | Génomes | Génétique, Génétique Société américaine de génétique, août 2015, Disponible ici. Consulté le 3 septembre 2017.

Courtoisie d'image:

1. "Exome Sequencing Workflow 1a”Par Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, Obi L. Griffith -  (CC PAR 2.5) via Wikimedia Commons
2. “Journal.pcbi.1004393.g002” de SarahKusala - Travail personnel (CC BY 3.0) via Wikimedia Commons