Différence entre Nick Translation et Primer Extension

Différence clé entre Nick Translation et Primer Extension
 

La traduction de Nick et l'extension d'amorce sont deux techniques importantes réalisées en biologie moléculaire. La principale différence entre la traduction de pseudo et l'extension d'amorce est que Le processus de traduction nick produit des sondes marquées pour d'autres techniques d'hybridation tandis que La méthode d'extension d'amorce identifie une séquence d'ARN spécifique d'un mélange et révèle des informations sur l'expression de l'ARNm. Les deux techniques ont une grande importance et sont couramment utilisées dans les laboratoires de recherche moléculaire.

CONTENU
1. Vue d'ensemble et différence clé
2. Nick Translation, qu'est-ce que c'est?
3. Qu'est-ce que Primer Extension?
4. Comparaison côte à côte - Nick Translation vs Primer Extension
5. Résumé

Nick Translation, qu'est-ce que c'est??

La traduction de Nick est une technique importante utilisée pour préparer des sondes marquées pour diverses techniques de biologie moléculaire telles que le blotting., in situ hybridation, fluorescente in situ hybridation etc. C'est un in vitro méthode de marquage ADN. Les sondes d'ADN sont utilisées pour identifier des séquences spécifiques d'ADN ou d'ARN. À l'aide d'une sonde marquée, des fragments spécifiques peuvent être marqués ou visualisés à partir d'un mélange complexe d'acide nucléique. Par conséquent, les sondes marquées sont préparées en utilisant diverses techniques à utiliser pour différentes techniques. La traduction de Nick est une de ces méthodes qui produit des sondes marquées à l’aide des enzymes DNase 1 et ADN polymérase 1..

Le processus de traduction des pseudonymes commence par l'activité de l'enzyme DNase 1. La DNase 1 introduit des entailles dans le squelette phosphate de l'ADN double brin en coupant les liaisons phosphodiester entre les nucléotides. Une fois le pseudo créé, le groupe OH 3 'libre du nucléotide sera fourni et l'enzyme ADN polymérase 1 agira sur celui-ci. L'activité exonucléase 5 'à 3' de l'ADN polymérase 1 élimine les nucléotides du pseudonyme vers la direction 3 'du brin d'ADN. Simultanément, l'activité de la polymérase de l'enzyme ADN polymérase 1 fonctionne et ajoute des nucléotides pour remplacer les nucléotides éliminés. Si les nucléotides ont été marqués, le remplacement se fera par les nucléotides marqués et marquera l'ADN pour l'identification. Cet ADN marqué nouvellement synthétisé peut être utilisé comme sonde dans diverses réactions d'hybridation en biologie moléculaire..

Figure 01: Processus de traduction de Nick

Qu'est-ce que Primer Extension??

L'extension d'amorce est une technique utilisée pour trouver une séquence d'ARN spécifique à partir d'un mélange d'ARN et localiser l'extrémité 5 'du transcrit d'ARNm. Il est également utilisé pour étudier la structure de l'ARN et de l'expression. La méthode d’extension d’amorces est réalisée avec des amorces marquées ou avec des nucléotides marqués. Si des amorces marquées sont utilisées, cela exclut la nécessité de marquer les nucléotides utilisés pour la synthèse de l'ADNc. Il existe plusieurs étapes dans cette technique. Cela commence par l'extraction de l'ARN de l'échantillon. Ensuite, une amorce oligonucléotidique marquée est ajoutée au mélange avec les ingrédients nécessaires à la synthèse de l'ADNc d'une séquence d'ARN spécifique. L'amorce s'annelle avec la séquence complémentaire du mélange. En utilisant la séquence annelée de l'amorce comme matrice, l'enzyme transcriptase inverse synthétise l'ADN complémentaire (ADNc) de la séquence d'ARN. L'annelage des amorces et la transcription inverse ne se produisent que lorsque la séquence d'ARN spécifique est présente dans l'échantillon. Enfin, lorsque l’électrophorèse sur gel dénaturant est effectuée, la taille de la séquence d’ARN peut être déterminée. Il est également facile de trouver la base +1 de la séquence de l'ARNm (site d'initiation de la transcription) par la méthode d'extension de l'amorce. La quantité d’ARNm présent dans l’échantillon peut être quantifiée par cette méthode si l’amorce en excès est utilisée.

Figure 02: Primer extension

Quelle est la différence entre Nick Translation et Primer Extension??

Nick Translation vs Primer Extension
La traduction de Nick est un processus qui crée des sondes d'ADN marquées pour diverses réactions d'hybridation..	L'extension d'amorce est une technique utilisée pour trouver un ARN spécifique ou pour étudier l'expression d'un gène..
Enzymes utilisées
Les enzymes DNase 1 et ADN polymérase sont utilisées.	L'enzyme transcriptase inverse est utilisée.
Importance
La traduction de Nick facilite le marquage d'une séquence d'ADN spécifique.	L'extension d'amorce permet la détection de la taille de la séquence d'ARNm spécifique et de la quantité présente dans l'échantillon.

Résumé - Nick Translation vs Primer Extension

La traduction de Nick est une méthode utilisée pour synthétiser des sondes marquées en fonction des activités de la DNase 1 et E. coli ADN polymérase 1 enzymes. C'est un in vitro méthode utilisée dans les laboratoires avant différentes techniques d’hybridation. Pendant la traduction du pseudo, l'activité exonucléase 5'-3 'de l'ADN polymérase 1 élimine les nucléotides en amont du pseudo et l'activité de la polymérase de l'ADN polymérase 1 remplace les nucléotides retirés par des nucléotides marqués derrière le pseudo. L'extension d'amorce est une méthode utilisée pour détecter un transcrit d'ARN spécifique à partir d'un mélange et pour quantifier la taille et la quantité d'ARN d'intérêt. C'est la différence entre nick translation et primer extension.

Références
1. Reid, Alex. "Nick Traduction." Springer. N.p., n.d. Web. 18 avril 2017
2. «Primer Extension». Diagnostics nationaux. N.p., n.d. Web. 19 avril 2017
3. Kuo, M. T. et W. Plunkett. "Nick-traduction des chromosomes en métaphase: marquage in vitro des régions hypersensibles à la nucléase dans les chromosomes." Actes de l'Académie nationale des sciences des États-Unis d'Amérique. Bibliothèque nationale de médecine des États-Unis, février 1985. Web. 19 avril 2017
4. Raymond et al. "PCR simple, quantitatif PCR d'amorce-extension pour la surveillance directe des microARN et des ARN interférant courts." ARN. Copyright 2005 by RNA Society, novembre 2005. Web. 19 avril 2017

Courtoisie d'image:
1. “Primer Extension Assay” de Jjnmmnjj - Travail personnel (CC BY-SA 3.0) via Wikimedia Commons