Différence entre les amorces PCR et les amorces de séquençage

Différence clé - Primers PCR vs Séquençage Amorces
 

Avec les récents développements dans le domaine de la biologie moléculaire, différentes techniques génétiques ont été développées qui ont rendu les processus d’investigation des différentes avenues du sujet faciles et précis. La PCR et d'autres procédures de séquençage sont deux techniques importantes. Ils utilisent différents sous-composants. Les amorces sont considérées comme le sous-composant principal commun aux techniques de PCR et de séquençage. Les amorces PCR sont utilisées pour l’amplification d’une séquence d’ADN particulièreles amorces de mise en séquence sont utilisées dans le cadre du séquençage d'un fragment d'ADN dans le but de révéler son ordre spécifique de la séquence nucléotidique. C'est le différence clé entre les amorces PCR et les amorces de séquençage.

CONTENU

1. Vue d'ensemble et différence clé
2. Que sont les amorces PCR?
3. Que sont les amorces de séquençage?
4. Similarités entre les amorces PCR et les amorces de séquençage
5. Comparaison côte à côte - Amorces PCR vs Amorces de séquençage sous forme tabulaire
6. Résumé

Que sont les amorces PCR??

La réaction en chaîne de la polymérase (PCR) est une technique génétique utilisée dans le domaine de la biologie moléculaire afin d'amplifier une ou plusieurs copies d'un segment d'ADN particulier et d'obtenir plusieurs millions de copies identiques. Dans une réaction PCR, différents composants sont utilisés, notamment les amorces. Les amorces sont des brins d'ADN courts avec une longueur de nucléotide de 18-25, ce qui les rend compatibles avec la région de départ et la région d'extrémité des fragments d'ADN à amplifier. Les amorces peuvent être une amorce directe et une amorce inverse. Ces amorces se lient au fragment d’ADN aux points spécifiques où elle permet à l’ADN polymérase de se lier à l’amorce spécifique à l’emplacement et initie la synthèse du nouveau brin d’ADN..

La sélection des amorces est un aspect important du processus de PCR. Le choix de la longueur de l’apprêt est important. La longueur idéale serait de 18-25 nucléotides. Si la longueur est trop courte ou trop longue, les amorces ne se lieront pas à la séquence d'ADN pour être amplifiées avec précision. Des amorces trop courtes conduisent à un annelage d'amorce non spécifique à différents endroits de la séquence d'ADN.

Figure 01: Amorces PCR

La teneur en guanine et cytosine (GC) dans un bon apprêt doit être comprise entre 40 et 60. La température d'hybridation de l'amorce et la température de fusion sont des facteurs vitaux lors de la PCR. La température de fusion doit être calculée avec précision et la température de recuit de l’amorce doit être de 5 ⁰C moins que la température de fusion. La température de fusion devrait être de 60 ° C à 75 ° C. Des températures trop élevées ou trop basses réduiront l'activité de l'ADN polymérase.

Que sont les amorces de séquençage??

Les amorces de séquençage sont utilisées dans le cadre du séquençage d'un fragment d'ADN dans le but de révéler son identité spécifique. Pour obtenir de bons résultats de séquençage, des amorces et des modèles de haute qualité sont importants. Ainsi, lorsque les amorces sont sélectionnées, elles doivent être uniques à une région particulière où nous souhaitons séquencer. Ce doit également être avec une orientation correcte où les séquences sont généralement générées à partir des extrémités 3 'à 5' des amorces. La séquence doit être dépourvue d'auto-hybridation indésirable, telle que la formation de boucles en épingle à cheveux. Il ne devrait pas contenir de formation consécutive de bases de guanine.

La température de fusion (Tm) de l'apprêt doit être adaptée aux conditions du séquençage. Par conséquent, il devrait se situer entre 52^oC et 74^oC. La préparation d'oligonucléotides à utiliser comme amorce doit être purifiée pour obtenir la longueur complète souhaitée de la séquence. Si les oligonucléotides contiennent des impuretés, la signalisation de la séquence d’amorce sera superposée à partir de différents sites d’amorçage, ce qui diminuera également le nombre de cellules de base..

Figure 02: Amorces de séquençage

La température de fusion de l'amorce (Tm) d'un oligonucléotide détermine la force de l'hybridation des brins d'ADN complémentaires. La Tm peut être considérée comme un calcul thermodynamique dans la mesure où elle dépend des séquences d'ADN et de plusieurs conditions telles que la concentration en sel. La Tm est importante pendant la PCR, où un variant appelé séquençage du cycle est utilisé pour produire un groupe de fragments terminés par un didésoxynucléotide. Ici, l'amorce qui est séquencée sera d'abord recuite alternativement, puis étendue et enfin dénaturée pour l'amplification. Par conséquent, la valeur Tm doit être comprise entre 52^oC et 74^o C. Les oligonucleotides synthétisés peuvent être obtenus auprès des laboratoires de synthèse d'ADN / ARN selon le choix. La synthèse à petite échelle utilisée pour le séquençage de l’ADN est généralement de 50 nmol. De plus, les amorces utilisées pour le séquençage doivent être purifiées afin d’éviter toute impureté empêchant la réduction de la qualité..

Quelles sont les similitudes entre les amorces PCR et les amorces de séquençage??

• Les amorces PCR et les amorces de séquençage sont des amorces utilisées dans le processus d’amplification d’une séquence d’ADN ciblée..
• Les amorces PCR et les amorces de séquençage sont composées de nucléotides.
• Les amorces PCR et les amorces de séquençage sont des oligomères courts.

Quelle est la différence entre les amorces PCR et les amorces de séquençage?

Amorces PCR vs amorces de séquençage
Les amorces de PCR sont des brins d'ADN courts d'une séquence de nucléotides de 18-25, ce qui les rend compatibles avec la région de départ et d'extrémité des fragments d'ADN à amplifier..	Les amorces de séquençage sont de courts oligomères utilisés dans le cadre du séquençage d'un fragment d'ADN dans le but de révéler son identité spécifique..
Une fonction
Les amorces PCR sont utilisées pour l'amplification d'une séquence d'ADN particulière.	Les amorces de séquençage sont utilisées dans le cadre du séquençage d'un fragment d'ADN dans le but de révéler son identité spécifique..
Nombre d'amorces nécessaires
Deux amorces; une amorce directe et une amorce inverse sont utilisées comme amorces PCR.	Besoin d'un seul apprêt comme amorce de séquençage.

Résumé - Amorces PCR vs Séquençage Amorces

Les amorces de séquençage sont utilisées dans le cadre du séquençage d'un fragment d'ADN dans le but de révéler son identité spécifique. Un amorce de séquençage sera suffisant pour exécuter le processus. Pour obtenir de bons résultats de séquençage, des amorces et des modèles de haute qualité sont importants. Ainsi, lorsque les amorces sont sélectionnées, elles doivent être uniques à une région particulière où nous souhaitons séquencer. Les amorces de PCR sont des brins d'ADN courts avec une longueur de nucléotide de 18-25 qui est compatible avec la région de départ et la région d'extrémité des fragments d'ADN à amplifier. Les amorces de PCR peuvent être une amorce directe et une amorce inverse. La teneur en guanine et cytosine (GC) dans un bon apprêt doit être comprise entre 40 et 60. La température de recuit de l’apprêt et la température de fusion sont des aspects essentiels de la PCR. C'est la différence entre les amorces PCR et les amorces de séquençage.

Référence:

1. «Réaction en chaîne par polymérase (PCR)». Khan Academy. Disponible ici
2. «Amorces de séquençage et conception des amorces.» Amorces de séquençage et conception des amorces | Services de base de l'ADN de l'université | Université de Calgary. Disponible ici    

Courtoisie d'image:

1.'Primers RevComp'By Zephyris - Travail personnel, (CC BY-SA 3.0) via Wikimedia Commons 
2. 'Séquences d'ADN 3 méthodes d'étiquetage' Par Abizar (original (uploader) original) sur Wikipedia anglais - Transféré par Gustavocarra., (Domaine public) via Wikimedia Commons