Différence entre RT PCR et QPCR

Différence clé - RT PCR vs QPCR
 

La réaction en chaîne par polymérase est une technique utilisée pour amplifier une région spécifique de l'ADN. in vitro. Grâce à l'invention de cette technique par Kary Mullis en 1983, les scientifiques sont capables de réaliser des milliers à des millions de copies de fragments d'ADN spécifiques à des fins de recherche. Actuellement, elle est devenue une technique courante et couramment utilisée dans les laboratoires cliniques et de recherche pour une grande variété d’applications. Il existe des variantes de la technique de PCR traditionnelle telles que la RT-PCR, la PCR nichée, la PCR multiplex, la PCR-Q, la RT-QPCR, etc. La RT-PCR et la PCR-Q sont deux variantes importantes de la PCR. La principale différence entre RT PCR et Q PCR est que La RT PCR permet de détecter l’expression génique par la création deADN complémentaire (ADNc) transcrits à partir d'ARN tandis que La Q PCR est utilisée pour mesurer quantitativement les produits de PCR en temps réel à l'aide de colorants fluorescents..

CONTENU
1. Vue d'ensemble et différence clé
2. Qu'est-ce que la RT PCR?
3. Qu'est-ce que le QPCR?
4. Comparaison côte à côte - RT PCR vs QPCR
5. Résumé

Qu'est-ce que la RT PCR??

La PCR (RT PCR) est une variante de la PCR utilisée pour détecter l'expression de l'ARN. C'est une méthode très importante pour détecter l'expression de l'ARNm dans les tissus. La RT-PCR est utilisée lorsque le matériel de départ de l'échantillon est l'ARN. En RT PCR, l'ARNm matrice est d'abord converti en ADN complémentaire. Cette étape est catalysée par l'enzyme transcriptase inverse et le processus est connu sous le nom de transcription inverse. Deuxièmement, la PCR traditionnelle est utilisée pour l’ADNc nouvellement synthétisé pour l’amplification..

La RT PCR est une technique très sensible qui nécessite une quantité relativement faible d’échantillon d’ARN. La RT PCR est couramment utilisée dans le diagnostic et la quantification d'espèces à ARN, en particulier de virus à ARN tels que le virus de l'immunodéficience humaine et le virus de l'hépatite C.

Figure 01: Technique RT PCR

Qu'est-ce que le QPCR??

La PCR quantitative (QPCR) est une variante de la PCR utilisée pour mesurer quantitativement les produits de la PCR. Elle est également appelée réaction en chaîne par polymérase en temps réel, car elle mesure l'amplification du temps réel à l'aide d'un appareil PCR en temps réel. C'est un procédé approprié pour déterminer la quantité d'une séquence cible ou d'un gène présent dans un échantillon. La caractéristique intéressante de QPCR est qu’elle combine à la fois l’amplification et la quantification réelle en une seule étape. Par conséquent, la nécessité d'une électrophorèse sur gel en détection peut être éliminée par la technique de QPCR. Le QPCR utilise des colorants fluorescents pour marquer les produits de PCR lors des réactions de PCR, ce qui conduit finalement à une quantification directe. Lorsque les produits de PCR s’accumulent, les signaux fluorescents s’accumulent également et il sera mesuré par la machine en temps réel. Le QPCR peut être combiné à la RT PCR. Il est connu sous le nom de RT-QPCR ou QRT-PCR et est considéré comme une méthode extrêmement puissante, sensible et quantitative pour la détection des taux d’ARN dans les cellules ou les tissus..

SYBR Green et Taqman sont deux méthodes utilisées pour détecter ou surveiller le processus d’amplification de la PCR en temps réel. La méthode SYBR Green est réalisée à l'aide d'un colorant fluorescent appelé SYBR green et détecte l'amplification en liant le colorant pour produire de l'ADN double brin. Taqman est effectué à l'aide de sondes à double marquage et détecte l'amplification par dégradation de la sonde par la Taq polymérase et par la libération du fluorophore, comme illustré à la figure 02. Les deux méthodes permettent de suivre l'évolution du processus d'amplification et de signaler la quantité de produit en temps réel..

La PCR en temps réel a une grande variété d'applications telles que la quantification de l'expression génique, l'analyse de microARN et d'ARN non codant, le génotypage de SNP, la détection de variants de nombres de copies, la détection de mutations rares, la détection d'organismes génétiquement modifiés, la détection d'agents infectieux, etc..

Figure 02: Technique de PCR quantitative

Quelle est la différence entre RT PCR et QPCR?

RT PCR vs QPCR
La RT PCR est une technique utilisée pour détecter l'expression de gènes par amplification..	QPCR est une technique qui amplifie l'ADN et quantifie les produits de PCR en temps réel.
Implication de l'enzyme transcriptase inverse
La transcriptase inverse d'enzyme est utilisée pour la RT PCR.	La transcriptase inverse d'enzyme n'est pas utilisée pour la QPCR.
Utilisation de molécules marquées par fluorescence
Les colorants ou les sondes marqués par fluorescence ne sont pas utilisés pour la RT PCR.	Des colorants ou des sondes marqués par fluorescence sont utilisés pour la QPCR.
Quantification du produit PCR
La RT-PCR ne quantifie pas le produit de la PCR si elle n'est pas couplée à un QPCR.	QPCR mesurer quantitativement le produit de la PCR.
Materiel de départ
Le matériel de départ est l'ARNm.	Le matériel de départ est l'ADN.
Synthèse d'ADNc
ADN complémentaire produit lors de la RT PCR.	L'ADN complémentaire n'est pas produit au cours de la QPCR.

Résumé - RT PCR vs QPCR

RT PCR et QPCR sont deux versions de la PCR traditionnelle. La technique de RT-PCR est réalisée pour les échantillons d’ARNm et elle est conduite par transcription inverse et production d’ADNc. Le QPCR est utilisé pour quantifier les produits de PCR lors des cycles thermiques de PCR en temps réel utilisant des colorants fluorescents ou des sondes marquées. Dans QPCR, la quantité de produit de la PCR est représentée par les signaux fluorescents émis par l'échantillon. La RT PCR est couramment utilisée comme processus d'amplification, tandis que la QPCR est couramment utilisée comme processus de quantification. C'est la différence entre RT PCR et QPCR.

Références:
1. Deepak, SA, KR Kottapalli, R. Rakwal, G. Oros, KS Rangappa, H. Iwahashi, Y. Masuo et GK Agrawal. “PCR en temps réel: révolutionner la détection et l'analyse des gènes par l'expression.” Current Genomics. Bentham Science Publishers Ltd., juin 2007. Web. 03 avril 2017
2. Zeka, Fjoralba, Katrien Vanderheyden, Els De Smet, Claude A. Cuvelier, Pieter Mestdagh et Jo Vandesompele. «Analyse simple et sensible de l'expression génique d'échantillons FFPE basée sur RT-qPCR.» Nature News. Nature Publishing Group, 22 février 2016. Web. 03 avril 2017
3. Overbergh, L., A. Giulietti, D. Valckx, B. Decallonne, R. Bouillon et C. Mathieu. “L'utilisation de la PCR transcriptase inverse en temps réel pour la quantification de l'expression des gènes de cytokines.” Journal of Biomolecular Techniques: JBT. Association des installations de ressources biomoléculaires, mars 2003. Web. 03 avril 2017

Courtoisie d'image:
1. “Taqman” par utilisateur: Braindamaged - Propre travail du téléchargeur original (domaine public) via Wikimedia Commons
2. “Reverse transcription polymerase chain reaction” de Jpark623 - Travail personnel (CC BY-SA 3.0) via Wikimedia Commons