Différence entre BLAST et FASTA

Différence principale - BLAST vs FASTA

BLAST et FASTA sont deux programmes de recherche de similarité qui identifient des séquences d'ADN homologues et des protéines en fonction de la similarité de séquence en excès. La similitude excessive entre deux séquences d’ADN ou d’acides aminés est due à la même homologie ascendance. La recherche de similarité la plus efficace consiste à comparer la séquence d'acides aminés de protéines plutôt que les séquences d'ADN. BLAST et FASTA utilisent tous deux une stratégie de notation afin de comparer deux séquences et de fournir des estimations statistiques très précises concernant les similitudes entre les séquences. le différence principale entre BLAST et FASTA est que BLAST est principalement impliqué dans la recherche d'alignements de séquences non optimisés et localement optimaux tandis que FASTA est impliqué dans la recherche de similitudes entre des séquences moins similaires.    

Zones clés couvertes  

1. Qu'est-ce que BLAST?
     - Définition, programmes, utilisations
2. Qu'est-ce que FASTA?
     - Définition, programmes, utilisations
3. Quelles sont les similitudes entre BLAST et FASTA
     - Caractéristiques communes
4. Quelle est la différence entre BLAST et FASTA
     - Comparaison des différences clés

Mots-clés: BLAST, FASTA, ADN, nucléotide, protéine, acide aminé, homologie, similarité, valeur d’attente

Qu'est-ce que BLAST?

BLAST signifie Outil de recherche d'alignement local de base. Ceci recherche la similitude entre une séquence de requête et les séquences déposées sur le site Web du Centre national d'information sur la biotechnologie (NCBI). Les gènes présumés dans la séquence de requête peuvent être détectés sur la base de l'homologie de séquence des séquences déposées. BLAST est un outil de bioinformatique populaire en raison de sa capacité à identifier rapidement les régions de similarité locale entre deux séquences. BLAST calcule une valeur d’attente, qui estime le nombre de correspondances entre deux séquences. Il utilise l'alignement local des séquences. L’interface Web NCBI BLAST est disponible ici.

Figure 1: Interface Web NCBI BLAST

Différentes recherches BLAST

Programme BLAST	Requête et base de données
BLASTN (nucléotide BLAST)	Requête - Nucléotide, Base de données - Nucléotide
BLASTP (protéine BLAST)	Query - Protéines, Base de données - Protéines
BLASTX	Requête - Nucléotide traduit, Base de données - Protéine
TBLASTN	Query - Protéine, Base de données - Nucléotide traduit
TBLASTX	Requête - Nucléotide traduit, Base de données - Nucléotide traduit

Qu'est-ce que FASTA?

FASTA est un autre outil d'alignement de séquence utilisé pour rechercher des similitudes entre des séquences d'ADN et des protéines. La séquence d'interrogation est décomposée en motifs de séquence ou mots appelés k-tuples et les séquences cibles sont recherchées pour ces k-tuples afin de trouver les similitudes entre les deux. FASTA est un excellent outil pour les recherches de similarité. Lorsque vous recherchez des similitudes de séquence, le meilleur moyen de mener votre recherche est d’abord d’effectuer une recherche BLAST, puis de passer à FASTA. Le format de fichier FASTA est largement utilisé comme méthode de saisie dans d'autres outils d'alignement de séquence tels que BLAST. L'interface Web de FASTA, disponible à l'Institut européen de bioinformatique (EBI), est disponible ici.. 

Figure 2: Interface Web FASTA

Programmes FASTA

Programme FASTA	La description
FASTA	Comparaison protéine - séquence protéique ou comparaison nucléotide - séquence nucléotidique
FASTX, RAPIDE	Nucléotide - comparaison de séquence protéique.
SSEARCH	Alignement local entre séquence protéine - protéine ou nucléotide - nucléotide
GGSEARCH	Alignement global entre séquence protéine - protéine ou nucléotide - nucléotide
GLSEARCH	Alignement global de la requête et alignement local des séquences dans la base de données.

Similitudes entre BLAST et FASTA

• BLAST et FASTA sont deux programmes de comparaison de séquences offrant des fonctions de comparaison des séquences d’ADN et de protéines avec les bases de données d’ADN et de protéines existantes..

• BLAST et FASTA sont des outils de bioinformatique rapides et extrêmement précis..

• Les deux utilisent des alignements de séquences par paires.

Différence entre BLAST et FASTA

Définition

EXPLOSION: BLAST est un algorithme de comparaison d'informations sur les séquences biologiques primaires, telles que les séquences de nucléotides ou d'acides aminés..

FASTA: FASTA est un logiciel d'alignement de séquence d'ADN et de protéines..

Stands pour

EXPLOSION: BLAST signifie outil de recherche d'alignement local de base.

FASTA: FASTA est à court de “fast-all” ou “FastA”.

Alignement global / local

EXPLOSION: BLAST utilise l'alignement de séquence local.

FASTA: FASTA utilise d'abord l'alignement de séquence local, puis étend la recherche de similarité à l'alignement global..

Alignement de séquence local

EXPLOSION: BLAST recherche les similitudes dans l'alignement local en comparant les résidus individuels dans les deux séquences.

FASTA: FASTA recherche les similarités dans les alignements locaux en comparant les modèles de séquence ou les mots.

Type de recherche

EXPLOSION: BLAST est préférable pour la recherche de similarité dans des séquences étroitement appariées ou localement optimales.

FASTA: FASTA est préférable pour la recherche de similarité dans des séquences moins similaires. 

Type de travail

EXPLOSION: BLAST fonctionne mieux pour la recherche de protéines.

FASTA: FASTA fonctionne mieux pour la recherche de nucléotides.

Lacunes dans la séquence de requêtes

EXPLOSION: Dans BLAST, les espaces entre les requêtes et les séquences cibles ne sont pas autorisés.

FASTA: Dans FASTA, les lacunes sont autorisées.

Sensibilité

EXPLOSION: BLAST est un outil de bioinformatique sensible.

FASTA: FASTA est plus sensible que BLAST.

La vitesse

EXPLOSION: BLAST est plus rapide que FASTA.

FASTA: FASTA est moins coûteux que BLAST.

Développeurs

EXPLOSION: BLAST a été conçu par Stephen Altschul, Webb Miller, Warren Gish, Eugene Myers et David J. Lipman à l'Institut national de la santé en 1990..

FASTA: FASTA a été développé par David J. Lipman et William R. Pearson en 1985.

Importance

EXPLOSION: BLAST est actuellement l'outil de bioinformatique le plus utilisé pour les recherches de similarité..

FASTA: L'héritage de FASTA est le format FASTA, qui est maintenant omniprésent en bioinformatique..

Conclusion

BLAST et FASTA sont deux outils d’alignement de séquences par paire utilisés en bioinformatique pour rechercher des similitudes entre des séquences d’ADN ou de protéines. BLAST est l'outil le plus largement utilisé pour l'alignement local des séquences de nucléotides et d'acides aminés. FASTA est un excellent outil de recherche de similarité qui utilise des modèles de séquence ou des mots. Il convient mieux aux recherches de similarité entre des séquences moins similaires. La principale différence entre BLAST et FASTA réside dans les stratégies de recherche de similarité utilisées dans chaque outil..

Référence:

1. Madden, Thomas. «L’outil d’analyse de séquence BLAST». Manuel NCBI [Internet]. 2e édition.U.S. National Library of Medicine, 15 mars 2013. Web.Available ici. 09 juin 2017. 
2. “Alignement de séquences par paires avec FASTA.” Université Amrita Vishwa Vidyapeetham. N.p., n.d. Web. Disponible ici. 09 juin 2017. 

Courtoisie d'image:

1.BLAST Site Officiel
2. Site officiel de FASTA