Comment les enzymes sont-elles nommées?

Une enzyme est une molécule de protéine pouvant jouer le rôle de catalyseur biologique. Les enzymes possèdent trois caractéristiques. Premièrement, la fonction première d’une enzyme est d’accroître la vitesse d’une réaction. Deuxièmement, une enzyme particulière agit spécifiquement sur un substrat particulier, produisant un produit. Et troisièmement, les enzymes peuvent être régulées par une activité faible à élevée et inversement. Certaines enzymes sont capables de catalyser la même réaction. Ils s'appellent isozymes. Un ensemble unique d'environ 3 000 enzymes est génétiquement programmé pour être synthétisé, offrant ainsi une individualité à une cellule. Si une enzyme devenait défectueuse, l'effet serait désastreux. Les noms communs, ainsi que les noms systématiques, sont utilisés dans la dénomination des enzymes.

Cet article explique,

1. Comment les enzymes sont-elles nommées?
2. Principes de dénomination des enzymes
3. Niveaux de classification des enzymes

Comment les enzymes sont-elles nommées?

Les noms communs d’enzymes contiennent généralement un préfixe décrivant soit le nom du substrat, l’effet des enzymes, soit la réaction chimique qu’ils catalysent. Le préfixe est suivi du suffixe 'ase'. Ce suffixe indique simplement que le composé est une enzyme. Par exemple, l'enzyme qui décompose les protéines en acides aminés est appelée «protéinase» ou «protéase». De même, l'enzyme impliquée dans la déshydratation des alcools est appelée «alcool déshydrogénase». Toutefois, lorsque vous nommez certaines des enzymes étudiées à l'origine, telles que la rénine, la pepsine et la trypsine, vous utilisez des noms triviaux plus anciens. L’enzyme glucosidase est présentée dans Figure 1. Il catalyse la conversion du maltose en deux molécules de glucose.

Figure 1: enzyme glucosidase

La nomenclature systématique et la classification des enzymes par la réaction qu'elles catalysent ont été développées par l'Union internationale de biochimie et biologie moléculaire (IUBMB). La nomenclature et la classification des enzymes sont liées en raison de leur étroite interdépendance..

Principes de dénomination des enzymes

Les trois principes généraux de la nomenclature des enzymes sont les suivants:,

1. Le suffixe -ase ne devrait être utilisé que pour des entités catalytiques uniques. Par conséquent, il ne peut pas être appliqué à des systèmes contenant plus d’une enzyme..
2. Le principe de classification et de nomenclature devrait être basé sur la réaction qu'une enzyme particulière catalyse.
3. Les enzymes sont divisées en groupes, en fonction des réactions catalysées.

Les groupes d’enzymes fonctionnellement liés sont classés en affectant des numéros de code à chaque groupe. Les numéros de code sont précédés de «EC» avec quatre éléments séparés par des points. Les quatre éléments contiennent les significations suivantes:

1. Le premier chiffre indique la classe de l'enzyme.
2. La deuxième figure indique la sous-classe de l'enzyme.
3. La quatrième figure indique la sous-sous-classe de l'enzyme.
4. La cinquième figure indique le numéro de série de l'enzyme dans sa sous-sous-classe.

Classification des enzymes

Le niveau supérieur de classification des enzymes, leurs noms et fonctions sont indiqués dans le tableau ci-dessous..

Classes d'enzymes	Nom et fonction
EC 1	Oxydoréductases: Ajout ou retrait d'eau
EC 2	Transferases: Transfert d'électrons
EC 3	Hydrolases: Transfert de radical
EC 4	Lyases: Scinder ou former une liaison C-C
EC 5	Isomérases: Changer la géométrie ou la structure d'une molécule
EC 6	Ligases: Jonction de deux molécules par hydrolyse d'une liaison phosphate dans l'ATP ou un autre triphosphate.

 Tableau 1: Niveau supérieur de classification des enzymes

Une enzyme peut être entièrement spécifiée par cette nomenclature. Par exemple, l'hexokinase est une transferase (EC 2), qui ajoute un groupe phosphate (EC 2.7) aux sucres hexoses contenant un groupe alcool (EC 2.7.1). Par conséquent, la nomenclature de l'hexokinase est EC 2.7.1.1..

Conclusion

Les enzymes augmentent le taux de réactions en les catalysant. Ils sont communément nommés en fonction du substrat sur lequel ils agissent. Les enzymes sont également nommées en fonction du type de réaction qu'elles catalysent. Une nomenclature systématique, associée à la classification des enzymes, est développée par IUBMB. Les enzymes sont développées en six classes selon la nomenclature systématique des enzymes.

Référence:
1. «Nomenclature enzymatique». Nomenclature biochimique IUBMB. N.p., n.d. Web. 20 mai 2017. .
2. «Classification et nomenclature des enzymes par les réactions qu’elles catalysent». Classification enzymatique. N.p., n.d. Web. 20 mai 2017. .
3. «Rôle des enzymes dans les réactions biochimiques». Enzymes. N.p., n.d. Web. 20 mai 2017. .
4. «Introduction aux enzymes». Dénomination et classification (Introduction aux enzymes). N.p., n.d. Web. 20 mai 2017. .

Courtoisie d'image:
1. «Enzyme glucosidase» de Thomas Shafee - Travail personnel (CC BY-SA 4.0) via Commons Wikimedia