Différence entre l'ARN Seq et les micropuces

le différence principale entre l'ARN Seq et le microarray est que le L'ARN Seq (séquençage d'ARN) permet d'analyser de nouveaux variants d'ARN et d'ARN tandis que le microréseau permet d'analyser le transcriptome à l'aide de sondes d'ARN connues.. De plus, l'ARN Seq est une technique basée sur le séquençage, tandis que la micropuce est basée sur l'hybridation..

RNA Seq et le microréseau sont deux techniques utilisées pour analyser la transcriptome, qui est l'ARNm total exprimé d'un organisme. Ils permettent de déterminer les types de molécules d’ARN formées à un stade cellulaire défini.

Zones clés couvertes

1. Qu'est-ce que l'ARN Seq?
     - Définition, processus, signification
2. Qu'est-ce que Microarray?
     - Définition, processus, signification
3. Quelles sont les similitudes entre l'ARN Seq et Microarray
     - Aperçu des caractéristiques communes
4. Quelle est la difference entre RNA Seq et Microarray
     - Comparaison des différences clés

Mots clés

Analyse d'expression génique, hybridation, micropuce, séquence d'ARN, séquençage

Qu'est-ce que l'ARN Seq?

ARN Seq (Séquençage d'ARN) est une technique qui détermine la séquence des molécules d'ARN dans un échantillon. RNA Seq implique un séquençage à haut débit par injection de molécules d'ADNc. L'ADNc est obtenu à partir de la transcription inverse des molécules d'ARN. Le séquençage de nouvelle génération implique la détermination de la séquence de l'ADNc. L'ARN Seq permet la détermination de la séquence d'ARN et de leur abondance relative.

Figure 1: Processus de séquençage d'ARN

L'ARN Seq est une technique très fiable avec une large gamme de sensibilité. Par conséquent, il peut détecter des séquences d'ARN rares et peu abondantes. La particularité de l’ARN Seq est sa capacité à identifier de nouvelles séquences d’ARN et les variants d’épissage..

Qu'est-ce que Microarray?

Le microréseau est une technique largement utilisée pour analyser l'expression génique d'un organisme particulier. Il utilise des sondes définies qui sont hybridées avec les molécules d'ARN de l'échantillon. Les sondes simple brin sont attachées à une surface solide connue sous le nom de puce à laquelle l'échantillon d'ARN marqué par fluorescence est hybridé. Les données de séquençage du génome peuvent être utilisées pour concevoir des sondes.

Figure 2: Processus de micropuce

Pour une expérience rapide et facile, le microréseau est la meilleure technique d'analyse de l'expression génique. Mais, les sondes doivent être conçues de manière à détecter aussi bien les variantes d'épissage.

Similarités entre l'ARN Seq et les micropuces

• L'ARN Seq et le microréseau sont deux techniques utilisées dans l'analyse de l'expression génique.
• Ils peuvent détecter les types de molécules d'ARN présents dans un échantillon à un moment défini.
• Ils dépendent de la séquence d'ARN.
• Les deux techniques peuvent déterminer la séquence primaire et l’abondance relative de l’ARN dans un échantillon..
• La reproductibilité des deux techniques est élevée.

Différence entre l'ARN Seq et les micropuces

Définition

L'ARN Seq fait référence à une technique basée sur le séquençage qui détecte les séquences d'ARN dans un échantillon, tandis que la micropuce fait référence à une technique basée sur l'hybridation utilisée pour détecter la présence de séquences spécifiques d'ARN dans un échantillon..

Basé sur

RNA Seq est une technique basée sur le séquençage, tandis que la micropuce est une technique basée sur l'hybridation réalisée avec des sondes existantes..

Identifier de nouvelles séquences

L'ARN Seq peut identifier de nouvelles séquences d'ARN présentes dans un échantillon alors que le microréseau ne peut identifier que des séquences connues..

Sensibilité

La sensibilité de l'ARN Seq est élevée alors que la sensibilité du microréseau est comparativement faible.

Précision

La précision des données d'ARN Seq est élevée, tandis que la précision des données de la micropuce est comparativement faible..

Détection SNP

L'ARN Seq peut identifier les SNP, à l'exception des SNP de novo pour les ARN de faible abondance, alors que le microréseau ne peut pas détecter les SNP.

Coût

L'ARN Seq est cher (300 $ - 1000 $ / échantillon) en raison de l'analyse bioinformatique complexe requise par la méthode alors que la micropuce est moins chère (100-200 $ / échantillon).

Conclusion

L'ARN Seq est une technique de séquençage utilisée pour déterminer les séquences d'ARN présentes dans le transcriptome, tandis que la micropuce utilise des sondes spécifiques pour détecter la présence de séquences particulières dans le transcriptome. Le microréseau ne peut détecter aucune nouvelle séquence d’ARN ni des séquences d’ARN moins abondantes. Cependant, dans l'ARN Seq, toutes les séquences d'ARN de l'échantillon peuvent être identifiées. Par conséquent, la principale différence entre l'ARN Seq et la micropuce est le type de détection.

Référence:

1. Kukurba, Kimberly R. et Stephen B. Montgomery. «Séquençage et analyse d'ARN». Protocoles Cold Spring Harbor 2015.11 (2015): 951-969. PMC. Web. 3 juillet 2018, disponible ici
2. Govindarajan, Rajeshwar et al. «Microarray et ses applications». Journal of Pharmacy & Bioallied Sciences 4. Supplément 2 (2012): S310-S312. PMC. Web. 3 juillet 2018, disponible ici

Courtoisie d'image:

1. «Résumé de RNA-Seq» de Thomas Shafee - Travail personnel (CC BY 4.0) via Commons Wikimedia
2. «Résumé de la puce à ARN» par Thomas Shafee - Travail personnel (CC BY 4.0) via Commons Wikimedia